世界上最罕见的鱼是腔棘鱼，又称空棘鱼。这种鱼类的脊柱中空，由于科学家在白垩纪之后的地层中找不到它的踪影，一度认为这种鱼类已经全部灭绝。然而，在1938年，在非洲南部的科摩罗群岛附近捕获了一条腔棘鱼，引起了广泛关注。腔棘鱼被认为是鱼类向两栖类进化的重要证据，因为它们不仅能呼吸空气，还能使用鳍来行走。
另外，沙漠鱼（又称魔鳉）也是一种非常稀有的鱼类，全球仅存约30条，主要分布在美国内华达州死亡谷的一个小水塘中。
这些珍稀鱼类都面临着因人类活动而导致的生存威胁，包括过度捕捞和栖息地的破坏
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